Mikrobiota jelitowa to złożony ekosystem mikroorganizmów zamieszkujących przewód pokarmowy człowieka. Składa się głównie z bakterii, ale również wirusów, grzybów i archeonów, które razem tworzą unikalny mikroświat niezbędny do prawidłowego funkcjonowania organizmu. Choć do niedawna mikrobiota jelit była tematem marginalnym, dziś wiemy, że jej rola w utrzymaniu zdrowia jest fundamentalna.